В соответствии с требованиями времени в Алатыре разработана и утверждена постановлением главы администрации муниципальная Программа сетевого взаимодействия ресурсных центров с общеобразовательными учреждениями на 2005–2007 годы, предусматривающая предпрофильную подготовку учащихся 9 кл. и профильное обучение учащихся 10 – 11 кл.

Управление образования выделяет модель сетевой организации профильного обучения, в которой вокруг базовых образовательных учреждений, гимназии № 6 и средней общеобразовательной школы № 9 (ресурсных центров)  объединяются все остальные школы.

В 2004 – 2005 учебном году элементами предпрофильной подготовки уже было охвачено 22% учащихся 9 кл., профильного обучения – 29,6% учащихся 10 – 11 кл.  Базовое учреждение – гимназия № 6 в течение нескольких лет специализируется на гуманитарном, социально–экономическом и естественно-научном профилях. Средняя школа № 11  успешно сотрудничает с сельскохозяйственным техникумом: учащиеся 9 – 11 кл. на его базе за счет школьного компонента приобретают профессии продавца, оператора ЭВМ.

С сентября 2005 года все общеобразовательные учреждения города переходят на предпрофильную подготовку девятиклассников. В 2006 – 2007 учебном году активно вводится профильное обучение старшеклассников.