В 1565 году город стал центром самостоятельного Алатырского уезда, одного из крупнейших в Среднем Поволжье.

В 1780 году Алатырь с уездом вошел в состав Симбирского наместничества.

22 декабря 1780 года российская императрица Екатерина ll за заслуги перед Отечеством высочайше жалует г. Алатырю герб, на котором были изображены: «В верхней части щита герб Симбирский, в нижней - три золотые колчана, наполненные стрелами, в красном поле, в знак того, что сих мест жители сие орудие с похвалою употреблять умели».

В 1925 году Алатырь включен в состав Чувашской АССР.

В 2009 году Геральдическим Советом при Президенте Российской Федерации утвержден исторический герб города, в вольной части которого - символика Чувашской Республики, щит увенчан муниципальной короной установленного образца.